Die Nikolai Kirche wurde von 1381 bis 1487 erbaut. Sie war die Kirche der Seefahrer und Fischer. In Ihr gab es einen extra Altar für die Schonenschiffer. Die Nikolaikirche gehört zu den größten Kirchen Mitteleuropas. Ihr Lang- schiff hat eine Höhe von 37 m. In Deutschland ist nur der Kölner Dom etwas höher. Der Turm der Kirche hatte eine Höhe von 120 m. Im Jahre 1703 zerstörte ein Sturm den Spitzhelm des Turms. Teile des Spitzhelms durchschlugen das Dach des Langschiffs und richteten große Zerstörungen an der Inneneinrichtung an.

Mit dem Bau wurde im 14. Jahrhundert begonnen. Ab 1380 baute Heinrich von Bremen den schlanken Chor mit seinen Strebepfeilern. Hermann von Münster und Peter Stolp errichteten das 1459 geweihte Langhaus. 1703 stürzte der Turm bei einem Orkan ein und zerstörte das Kreuzrippengewölbe des Mittelschiffs sowie große Teile der Inneneinrichtung. Diese wurde danach im Barockstil erneuert. Als einzige Großkirche Wismars überstand St. Nikolai den Zweiten Weltkrieg unbeschädigt. Daher wurden hier nach 1945 Kunstwerke aus den zerbombten Kirchen St. Marien, St. Georgen und der Dominikanerkirche aufgestellt.
Der Hauptaltar von 1772 zeigt über der Abendmahlsdarstellung die 1653 entstandene Kopie von Rubens’ Kreuzabnahme von Benjamin Block. Die Mende-Orgel stammt von Johann Gottlob Mende (1787-1850). Sie hat einen Renaissanceprospekt mit barocken Erweiterungen und 30 Register mit knapp 2000 Pfeifen. Die Kanzel von 1807 ist ein barockes Werk von Johannes von Rehn. Der spätgotische Schnitzaltar (um 1439) stammt aus der Georgenkirche. Im Mittelschrein zeigt er eine Marienkrönung zwischen 40 Figuren von Aposteln und Heiligen.
An der Nordseite der Turmwand befindet sich das monumentale Wandgemälde Christophorus.
Die Grabplatte der Herzogin Sophie von Mecklenburg aus Bronze zeigt im vertieften Hauptfeld ein Hochrelief der 1504 verstorbenen Herzogin. Der Rand wurde gesondert gegossen und zeigt das Wappen und Inschriften. Die Platte wurde vermutlich in Lübeck gegossen und hing ursprünglich in der Klosterkirche der Dominikaner. Der Marienschrein aus dem 15. Jahrhundert zeigt Szenen aus dem Marienleben, die Mondsichelmadonna und sechs weibliche Heilige. Er befand sich ursprünglich im Dominikanerkloster. Der um 1500 entstandene Thomasaltar stand ursprünglich im Dominikanerkloster. Gezeigt werden der Apostel Thomas, Thomas von Aquin und Thomas Becket, der Erzbischof von Canterbury. In den Flügeln sind Szenen aus dem Leben und Sterben von Thomas von Aquin zu sehen.
Die 1335 entstandene Tauffünte stammt ursprünglich aus der Marienkirche. Dargestellt sind Szenen aus dem Leben Jesu. Der Taufkessel wurde in der Lübecker Werkstatt von Johann Spengeter angefertigt. Etwa 100 Jahre später ist das kunstvoll geschmiedete Gitter hinzugekommen.
Die Terrakottafiguren von Ernst Barlach (1870-1938) entstanden 1927 als Modelle für den „Fries der Lauschenden”.
Die Skulpturen von Gerhard Marcks (1889-1981) bestehen aus dem „Posaune blasenden Engel” von 1919 und sechs Terrakottamodellen für die „Gemeinschaft der Heiligen” an St. Katharinen zu Lübeck von 1949. Der Anfang des 16. Jahrhunderts in einer Wismarer Werkstatt angefertigte Schifferaltar ist der einzige erhaltene mittelalterliche Altarschrein im Bestand der Kirche. Die zentrale Figur ist eine apokalyptische Madonna, sie wird von den Figuren des Nikolaus und Jakobus dem Älteren begleitet. In den beiden Kastenflügeln stehen je vier Heiligenfiguren.
Der um 1420 geschaffene Krämeraltar ist ein Meisterwerk spätgotischer Holzschnitzkunst. Er befand sich ursprünglich in der Marienkirche. Zu sehen sind die Muttergottes mit Kind im Strahlenkranz, flankiert von den Heiligen Michael und Mauritius. In den Kastenflügeln werden die Geburt Christi, die Beschneidung Jesu im Tempel und die Verkündigung dargestellt.

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